Originalmente construído de forma térrea, o prédio passou por ampliações e reformas antes de ser tombado pelo CONDEPACC e CONDEPHAAT. Em 1909 o edifício D. Pedro II foi ampliado, sendo acrescido de um segundo andar que viria a abrigar os novos setores do IAC. Atualmente, são feitas no prédio pesquisas na área de solos.
“Esse prédio foi construído para abrigar laboratórios e durante seu processo de vida, foram feitos acréscimos de áreas num processo evolutivo. Ele nasceu térreo e comprido, mas foi ampliado para traz, para os lados e para cima. A última reforma foi feita em 1968, quando foram remodeladas as partes interna e externa com a alteração de todas as janelas e portas. As janelas, que eram de madeira, tiveram altura dos vãos diminuídos e foram substituídas por esquadrias de ferro, tipo basculante. Estamos restaurando o prédio para voltar ao que ele era quando foi tombado.